Votre première
comparaison G25.

À qui s’adresse ce guide

Ce manuel vous sera particulièrement utile si :

• Vous voulez comprendre ce que sont les coordonnées G25 avant d’interpréter des pourcentages.
• Vous envisagez d’utiliser G25 Studio pour comparer votre ADN avec des populations de référence et exécuter des modèles d’ascendance.
• Vous préférez commencer par un parcours pratique court et reporter les détails optionnels à plus tard.

Vous n’avez pas besoin d’une formation en génétique. Vous avez besoin de vos propres coordonnées ou d’un moyen de les obtenir (consultez Avant de commencer).

Que sont les coordonnées G25

Les coordonnées G25 (Global 25) sont une description numérique compacte de votre ADN autosomal en 25 dimensions. Chaque dimension reflète une partie de la relation entre votre génome et un large cadre de référence construit par analyse en composantes principales (PCA).

Considérez les coordonnées comme une position dans un espace génétique, pas comme une histoire à elles seules. Elles sont l’entrée que vous fournissez à des outils comme G25 Studio. Les pourcentages ethniques et les barres de mélange sont des sorties de la modélisation de vos coordonnées face à un ensemble choisi de populations de référence. C’est une couche d’interprétation, pas les coordonnées RAW elles-mêmes.

Coordonnées mises à l’échelle et non mises à l’échelle

• Les coordonnées mises à l’échelle pondèrent les dimensions selon la variation génétique qu’elles expliquent. C’est l’option habituelle pour les modèles d’ascendance dans les workflows G25.
• Les coordonnées non mises à l’échelle conservent l’échelle PCA d’origine. Elles peuvent servir à certaines comparaisons de recherche.

Utilisez des coordonnées qui correspondent à ce qu’attend la calculatrice, mises à l’échelle ou non. Mélanger les types par erreur produit en général des résultats confus ou trompeurs.

Ce que les coordonnées ne sont pas

• Pas un diagnostic médical.
• Pas un registre généalogique ni un test d’un ancêtre précis.
• Pas un certificat d’ethnie ou de nationalité.

Avant de commencer

Ce dont vous avez besoin

1. Un compte DnaGenics et un navigateur web moderne avec JavaScript activé.
2. Des coordonnées G25 pour l’échantillon à analyser (voir ci-dessous).
3. Quelques minutes pour une première exécution. Les visualisations complexes et les grands ensembles de populations peuvent prendre plus de temps.

Comment obtenir des coordonnées G25

Les voies habituelles incluent :

• Services de génération de coordonnées : si vous devez les obtenir depuis un fichier RAW compatible, consultez les options de coordonnées G25 et la boutique pour la disponibilité et les exigences actuelles.
• Vos échantillons traités : si vous avez déjà des coordonnées issues d’un service complété, elles peuvent apparaître à côté de l’échantillon ou dans la zone de téléchargements.
• Coordonnées de référence : pour apprendre, vous pouvez utiliser des coordonnées de la bibliothèque G25 Studio, qui ne représentent pas votre génome personnel.

Si vous n’avez que de l’ADN RAW et pas encore de coordonnées, terminez leur génération avant d’attendre des résultats interprétables dans G25 Studio.

Format d’une ligne de coordonnées

G25 Studio attend une ligne avec un nom suivi de 25 nombres séparés par des virgules :

MySample_scaled,0.0234,-0.0156,0.0089,-0.0312,0.0178,0.0123,-0.0098,0.0211,-0.0145,0.0067,-0.0189,0.0256,-0.0112,0.0198,-0.0076,0.0143,-0.0221,0.0095,-0.0167,0.0134,-0.0109,0.0182,-0.0126,0.0078,-0.0094

Exemple fictif de format, pas un résultat mesuré ni une population de référence. Copiez-le pour examiner le format, puis utilisez vos données autorisées ou une référence de bibliothèque. L’essentiel : une étiquette puis 25 valeurs, séparées par des virgules.

Trois façons de charger des coordonnées dans G25 Studio

Sur l’écran principal de G25 Studio, vous pouvez :

1. Coller une ligne de coordonnées dans le champ de saisie.
2. Utiliser From Library (Depuis la bibliothèque) pour choisir des coordonnées de référence.
3. Utiliser From Samples (Depuis les échantillons) pour charger des coordonnées liées à vos échantillons envoyés, lorsqu’elles sont disponibles.

Les libellés des boutons de l’application sont conservés pour que vous puissiez suivre les étapes pendant votre travail.

Comment fonctionne G25 Studio

G25 Studio est un environnement d’analyse d’ascendance : vous fournissez des coordonnées, choisissez une calculatrice, ajustez la configuration, exécutez l’analyse et lisez les résultats.

De façon générale :

Coordonnées -> Calculatrice -> Configuration -> Analyse -> Résultats

Qu’est-ce qu’une calculatrice ?

Une calculatrice est un ensemble identifié de populations de référence, anciennes, modernes ou les deux, avec des métadonnées (type de coordonnées, époque, auteur). Vos coordonnées y sont comparées pour obtenir des distances, des pourcentages de type mélange et des graphiques optionnels.

Des calculatrices différentes produisent des résultats différents car chacune ne « voit » que les populations qu’elle contient. Une calculatrice centrée sur une région offre souvent plus de détail. Une calculatrice globale offre une vue plus large, parfois moins détaillée. Aucune n’est automatiquement « correcte » : elles répondent à des questions d’outils distincts.

Pourquoi le choix de la calculatrice compte

Votre génome est modélisé comme un mélange des populations connues de la calculatrice. Si elle manque de bonnes références pour une part de votre ascendance, cette part peut se répartir entre d’autres populations ou montrer un ajustement plus faible. C’est une limite du panneau de référence, pas une valeur de votre ADN.

Votre première analyse de débutant

Suivez ce parcours la première fois. Vous pourrez ajouter de la complexité ensuite.

1. Chargez des coordonnées par collage ou via From Library ou From Samples.
2. Ouvrez Browse Calculators (Parcourir les calculatrices) et choisissez-en une adaptée à votre question. Vérifiez ses références, le type de coordonnées et la portée ; un panneau large peut être un bon point de départ.
3. Ouvrez la zone Configuration et sélectionnez :
   • Algorithm (Algorithme) : Montecarlo V1, option standard et accessible.
   • Distance (Distance) : Euclidean, option générale.
   • Maximum populations (Nombre maximal de populations) : environ 5 pour faciliter la lecture.
   • Group populations (Grouper les populations) : activé si vous voulez un résumé plus régional.
   • Ancestors Predictions (Oracle) : désactivé à la première exécution. Activez-le ensuite pour explorer des scénarios hypothétiques à plusieurs populations.
   • Analysis tools (Outils d’analyse) : activez seulement PCA pour une référence visuelle rapide.
4. Cliquez sur Calculate Results (Calculer les résultats) et attendez la fin.

Ce parcours suit les recommandations du Configuration Guide (Guide de configuration) de l’application pour une première analyse.

Comment lire les résultats

Composition de mélange (style Monte Carlo)

L’outil tente de reconstruire vos coordonnées comme un mélange de populations de référence avec des pourcentages flexibles. Ce sont des poids ajustés dans le modèle choisi, pas des probabilités de descendance. Cela ne signifie pas que vous avez un ancêtre récent de chaque groupe libellé.

Score d’ajustement

Le score d’ajustement mesure dans quelle mesure les références de cette calculatrice reconstruisent vos coordonnées. Un résidu plus faible indique un meilleur ajustement dans la même méthode, le même panneau et la même configuration. Cela ne démontre pas une histoire familiale plus exacte.

L’ajustement possible dépend de la calculatrice et de la métrique. Un résidu plus élevé peut indiquer que le panneau représente mal l’entrée. Vérifiez le type de coordonnées et la couverture de référence, et comparez d’autres modèles. Les scores de méthodes ou configurations différentes ne sont pas automatiquement comparables.

Populations les plus proches (souvent liées à Oracle)

Les populations les plus proches mettent en avant des références dont les coordonnées sont plus proches des vôtres dans l’espace G25. C’est une idée de proximité. Ce n’est pas équivalent aux pourcentages de mélange, qui optimisent une combinaison. Les deux sont utiles et répondent à des questions légèrement différentes.

Chronologie d’ascendance (lorsqu’elle est affichée)

Si une chronologie apparaît, lisez-la avec sa méthode et ses hypothèses. Les libellés historiques ou estimations du modèle ne datent pas un lien familial précis ni n’indiquent quand un composant est entré dans la généalogie d’une personne. Interprétez-la comme un contexte de recherche, pas comme un arbre généalogique daté.

Accès gratuit et PRO

Certains algorithmes, métriques de distance, options de personnalisation des populations, visualisations supplémentaires et volumes étendus de résultats Oracle sont des fonctions PRO. Si un contrôle est verrouillé ou nécessite une extension, vous pouvez apprendre le processus avec Montecarlo V1, la distance Euclidean et PCA.

Consultez la présentation de Studio et les contrôles de votre compte pour les fonctions actuelles. Lire ce manuel n’accorde ni fonctions payantes ni génération de coordonnées.

Monte Carlo et Oracle

Dans G25 Studio, la sortie de type Oracle se configure dans Ancestors Predictions (Oracle).

• Monte Carlo (modèles de mélange) : recherche une combinaison flexible de populations et de poids qui ajuste vos coordonnées. Il demande quel mélange des références disponibles reconstruit l’entrée avec la configuration choisie.
• Oracle (Ancestors Predictions) : explore des scénarios à proportions fixes, comme des parts égales entre deux, trois ou quatre populations de référence. Le libellé identifie l’outil ; ses combinaisons n’identifient pas des parents, grands-parents ou autres ancêtres réels.

Utilisez-les ensemble lorsque vous maîtrisez le processus : Monte Carlo pour la lecture principale du mélange, Oracle pour des vérifications hypothétiques structurées.

Glossaire

Les définitions sont volontairement brèves. L’ordre alphabétique des termes de l’interface d’origine est conservé.

Admixture composition (Composition de mélange)
Poids ajustés de populations de référence utilisés pour reconstruire vos coordonnées dans une calculatrice.

Ancestry modeling (Modélisation d’ascendance)
Usage de coordonnées G25 et d’un panneau de référence pour estimer des contributions de type populationnel et des résumés associés. Cela n’équivaut pas à construire un arbre généalogique documentaire.

Ancestors Predictions (Oracle)
Analyse optionnelle qui note des combinaisons populationnelles à proportions fixes (voir Monte Carlo et Oracle).

Calculator (Calculatrice)
Panneau de référence identifié et ensemble de réglages pour interpréter vos coordonnées.

Closest populations (Populations les plus proches)
Populations de référence avec la plus faible distance génétique à vos coordonnées dans l’espace G25 selon la méthode choisie.

Distance metric (Métrique de distance)
Règle mathématique pour mesurer la distance entre vos coordonnées et une population de référence, par exemple euclidienne.

Euclidean distance (Distance euclidienne)
Distance en ligne droite dans l’espace à 25 dimensions. Option par défaut courante.

Fit score (Score d’ajustement)
Résumé de la façon dont les références de la calculatrice reconstruisent vos coordonnées. Comparez les résidus dans la même méthode, panneau et configuration ; il n’existe pas d’intervalle universel de précision généalogique.

G25 coordinates (Coordonnées G25)
Vingt-cinq valeurs numériques et une étiquette d’échantillon qui décrivent votre position dans le cadre Global25 de type PCA.

Genetic distance (Distance génétique)
Séparation entre deux ensembles de coordonnées avec la métrique choisie. Une distance plus faible indique en général une plus grande similarité selon cette métrique.

Global25 (G25)
Système à 25 dimensions utilisé par G25 Studio et des outils compatibles.

Monte Carlo (Montecarlo)
Méthode d’optimisation itérative qui recherche de bons ajustements de mélange avec la configuration choisie.

PCA (analyse en composantes principales)
Visualisation qui projette les coordonnées sur les principaux axes de variation pour observer votre proximité aux populations de référence.

Reference populations (Populations de référence)
Moyennes génétiques identifiées, anciennes ou modernes, qui définissent ce qu’une calculatrice peut modéliser.

Scaled coordinates (Coordonnées mises à l’échelle)
Coordonnées pondérées par les valeurs propres ; option par défaut habituelle pour les modèles de type G25.

Unscaled coordinates (Coordonnées non mises à l’échelle)
Coordonnées à l’échelle PCA d’origine ; utilisez-les lorsque votre processus l’exige explicitement.

Questions fréquentes au démarrage

Pourquoi vois-je des régions sans récits familiaux connus ?
Les populations de référence se chevauchent et ne suivent pas les frontières modernes. De petites proportions peuvent refléter des motifs populationnels partagés, le choix des références ou l’incertitude du modèle. Une petite composante n’établit pas un parent récent ni un lien ancestral précis.

Pourquoi deux calculatrices diffèrent-elles ?
Chaque calculatrice utilise un ensemble de références différent. Des références différentes répartissent votre génome autrement. Comparez-les pour repérer des motifs robustes, pas pour choisir un seul graphique « vrai ».

G25 peut-il prouver mon ethnie ?
Non. C’est un cadre de comparaison statistique. La généalogie documentaire et les analyses généalogiques génétiques adaptées ont des finalités distinctes.

Dépannage

• Format de coordonnées invalide : confirmez un nom puis 25 nombres séparés par des virgules. Supprimez les lignes vides ou en-têtes superflus.
• Résultats inattendus ou instables : réduisez le nombre maximal de populations, testez le regroupement et vérifiez la portée et la couverture de référence de la calculatrice. Ne choisissez pas un panneau uniquement pour obtenir un libellé d’identité attendu.
• Score d’ajustement élevé : vérifiez la cohérence du type mis à l’échelle ou non, de la métrique et de la couverture de référence. Comparez des alternatives dans leurs limites déclarées.
• Temps de calcul long : désactivez les graphiques optionnels complexes à la première exécution et limitez les populations.

Étapes suivantes

• Consultez la présentation de G25 Studio pour le contexte de ses fonctions.
• Ouvrez G25 Studio (en anglais) pour les indications de configuration et les contrôles disponibles. Ouvrir Studio ne lance pas une analyse.
• Explorez les populations de référence G25 (en anglais).
• Vérifiez la portée, les auteurs et les métadonnées des calculatrices dans G25 Explorer avant de choisir un panneau.

Pour plus d’orientation, lisez la FAQ sur l’ascendance. Si une étape n’est pas claire, contactez DNA Genics.

Avis

G25 Studio est destiné à l’éducation et l’exploration de recherche. Ce n’est pas un produit médical. Interprétez les résultats avec prudence et n’affirmez pas au-delà de ce que les pourcentages modélisés permettent sur l’identité ou l’histoire familiale.