Compreende o método.
Leia o resultado.

Modelos de mistura baseados em genótipos estimam como a variação observada se encaixa em um conjunto de componentes estatísticos. K é o número de componentes.

Entrada

Marcadores de genótipo utilizáveis e dados de referência do modelo.

O que mostra

Os pesos de mistura coordenados são um cálculo diferente e precisam de sua própria descrição.

Interpreta com cuidado

Um componente não é uma nacionalidade, identidade ou fração medida de uma população histórica.

As coordenadas resumem a variação em um espaço de referência em particular, linhas compatíveis suportam distâncias, modelos populacionais ajustados e exploração visual, a geração de coordenadas DNA Genics produz estimativas do tipo G25 derivadas de modelos, não é uma projeção direta do genótipo PCA para o espaço de outro provedor.

Entrada

Para comparações, coordenadas compatíveis, escala e espaço de referência.

O que mostra

Uma representação numérica para ferramentas que aceitam esse formato e espaço.

Interpreta com cuidado

As coordenadas não são porcentagens, e misturar representações pode tornar as distâncias enganosas.

A PCA representa eixos selecionados de variação genética, uma amostra pode ser colocada em um espaço de referência existente para comparação, o UMAP é um método diferente de redução de dimensionalidade, com suas próprias configurações e geometrias, o relatório ou ferramenta determina qual representação é usada.

Entrada

Genótipo compatível ou coordenar dados e um painel de referência definido, conforme exigido pela ferramenta específica.

O que mostra

Uma visão da estrutura relativa nos dados, ao invés de um mapa geográfico.

Interpreta com cuidado

Amostragem de referência, pré-processamento e configurações afetam o enredo, proximidade visual não é uma relação familiar calibrada ou prova de origem geográfica.

Sobre UMAP: A sua estrutura de vizinhança e os seus ajustamentos diferem dos do PCA. Dois gráficos semelhantes não fazem intermutáveis os seus eixos ou distâncias. Uma visualização não tem por que fazer parte do cálculo da pontuação do relatório.

Um ramo descreve uma perspectiva de linhagem, diferente de uma comparação populacional autossômica.

Entrada

Marcadores Y-DNA ou MtDNA informativos suficientes no arquivo carregado.

O que mostra

Um ramo de linhagem compartilhada apoiado na resolução permitida pelos marcadores.

Interpreta com cuidado

Um ramo compartilhado não identifica um ancestral específico chamado, estabelece uma relação familiar recente ou descreve toda a ancestralidade de uma pessoa.

Fasing estima como os alelos observados são dispostos em duas cópias cromossômicas, que podem preparar dados para análises baseadas em haplótipos, e que apenas não estabelece qual cópia é materna ou paterna, atribuir o pai de origem requer informações adicionais.

Entrada

Dados de genótipo adequados e as entradas exigidas pelo método de phasing.

O que mostra

Haplótipos estimados: arranjos de alelos em cópias cromossômicas.

Interpreta com cuidado

A fase estatística pode conter erros, uma cópia faseada não é um genoma parental medido, e as cópias não devem ser automaticamente etiquetadas com nomes pais.

Uma pintura cromossômica mostra tarefas baseadas em modelos ao longo de um cromossomo, complementando um resumo da amostra inteira.

Entrada

Dados compatíveis de nível cromossômico, painéis de referência e qualquer preparação necessária pela implementação selecionada.

O que mostra

Tarefas dependentes de referência em intervalos genômicos.

Interpreta com cuidado

As cores representam componentes do modelo, origens geográficas não verificadas para cada intervalo, grupos de referência semelhantes podem ser difíceis de distinguir.

Identity by State (IBS) descreve correspondência de alelos observados em marcadores comparados. Identity by Descent (IBD) descreve um segmento herdado por uma fonte ancestral compartilhada.

Entrada

Dados comparáveis de marcadores, cobertura adequada e os limiares de qualidade do método do segmento, uma exportação de parentes é diferente de um arquivo de genótipo RAW.

O que mostra

Marcador compartilhado ou evidência de segmento, com estimativas de relacionamento onde apoiado.

Interpreta com cuidado

Pequenas ou esparsas partidas podem ocorrer por acaso ou pelo histórico da população, comprimento, densidade de marcadores, fases e suposições afetam a confiança, uma combinação não prova um nome de relacionamento.

Um explorador cromossômico mostra os intervalos coincidentes comunicados pelo método seleccionado. A visualização por si só não estabelece herança ou parentesco.

Os relatórios de comparação de Neandertal e Denisovan comparam as variantes observadas do SNP com seus genomas arcaicos de referência.

Entrada

Posições genotipadas utilizáveis que se sobrepõem aos dados arcaicos de referência do relatório.

O que mostra

Variantes testadas em relação às posições comparadas.

Interpreta com cuidado

Cobertura, seleção de referência e variação humana compartilhada afetam a comparação.

A imputação usa marcadores observados e padrões de haplótipo de referência para estimar genótipos prováveis em posições adicionais, fornecendo estimativas estatísticas para fluxos de trabalho a jusante adequados, com confiança que varia entre posições e cobertura de referência.

Entrada

Um arquivo genótipo compatível com marcadores utilizáveis e um painel de referência adequado.

O que mostra

Estimativas de chamadas de genótipo adicionais e as saídas especificadas pelo serviço.

Interpreta com cuidado

Uma chamada imputada não é uma nova medição ou uma leitura de sequenciamento.