Suas leituras.
Outra referência.
Alinha leituras de sequenciação FASTQ compatíveis com T2T-CHM13 v2.0. Recebe um BAM indexado e estatísticas de alinhamento para um processo de pesquisa que utilize esta referência.
$62.85Um pedido · O serviço e os requisitos definitivos do arquivo são confirmados ao contratar
Apenas os resultados de alinhamento. Este pacote não inclui detecção de variantes nem um VCF.
A referência escolhida muda o contexto da análise.
Escolha este serviço quando o processo seguinte precisar de leituras alinhadas com T2T-CHM13. O resultado é um alinhamento para revisar e usar em ferramentas de pesquisa compatíveis.
- BAM ordenado por coordenadasLeituras de sequenciação alinhadas com T2T-CHM13 v2.0 para ferramentas configuradas com a mesma referência.
- Índice BAMO índice BAI correspondente permite aceder a regiões genômicas em programas compatíveis.
- Estatísticas de alinhamentoEstatísticas de alinhamento e métricas de resumo de cobertura para revisar o resultado do processamento.
- Um alcance de pacote claroNão inclui variantes em VCF, anotação ou conversão para genótipos RAW. Contratar o alinhamento não contrata essas operações independentes.
A referência importa. A origem também.
Use as montagems de referência coerentes entre o alinhamento e a próxima análise. As leituras existentes, a sua qualidade e o conteúdo do arquivo continuam a limitar o processo.
Consultar a compatibilidade de arquivos- Arquivos de leituras
- FASTQ e FASTQ.GZ comprimidos compatíveis com o conjunto completo de leituras de ponta única (single-end) ou pareadas (paired-end) de uma pessoa.
- Plataforma de sequenciação
- O serviço existente contempla processamento de leituras curtas e longas. Confirma a plataforma e o tipo de leitura antes de contratar se há dúvidas de adequação.
- Contexto de referência
- O resultado usa T2T-CHM13 v2.0. As coordenadas, anotações e ferramentas posteriores devem corresponder a essa referência.
Das leituras de origem a um alinhamento revisado.
A compra e a transferência de arquivos são passos diferentes. Siga as instruções do serviço do seu pedido.
Confirma o conjunto de leituras
Identifica a plataforma de sequenciação, o emparelhamento e o processo de pesquisa que precisa alinhamento a T2T.
Aporta os arquivos do pedido
Completa a compra existente e siga as instruções de transferência do pedido. Confirma que as ligações de arquivos partilhadas permitem a transferência prevista.
Rever o Pacote de Alinhamento
Veja em conjunto o BAM, o índice e as estatísticas. Utiliza recursos de referência correspondentes na próxima análise.
O pacote que você contrata.
Verifique em conjunto as entregas e os requisitos de entrada. Os preços são apresentados na sua moeda seleccionada; são facturados em EUR.
Servicio existente / Un pedido
Alinhamento de FASTQ a T2T
Apenas os resultados de alinhamento. Este pacote não inclui detecção de variantes nem um VCF.
$62.85
Sua compra de uma olhada
- Recebes
- Leituras de sequenciamento alinhadas com a referência T2T-CHM13 v2.0, com índice e estatísticas. BAM ordenado por coordenadas, índice BAI e arquivos de estatísticas de alinhamento.
- Inclui
- Um pedido de alinhamento para o conjunto de leituras FASTQ compatível.
- Acesso
- Processamento de alinhamento de pagamento único; consulta as datas de disponibilidade dos downloads entregues.
- Precisas
- Leituras FASTQ compatíveis e conjunto completo exigido pelo pedido. Verifique primeiro a plataforma, o emparelhamento e os requisitos de transferência.
- Não inclui
- Não inclui detecção de variantes, resultado VCF ou nova sequência. Uma referência diferente não garante uma melhoria de cobertura.
Depois de comprarEnvia o conjunto de leituras de acordo com as instruções de transferência do pedido. Consulta o estado de processamento e descarga do BAM, o índice e as estatísticas do produto adquirido quando disponíveis.
Abrir as suas compras (em inglês)- BAM ordenado por coordenadas
- Índice BAM
- Estatísticas de alinhamento
- Um alcance de pacote claro
Apenas resultados de alinhamento. O pacote não inclui detecção de variantes ou um VCF. Não é garantido a aceitação por um serviço de terceiros.
Conheça o tratamento antes de compartilhar.
Este é um serviço gerido. Não é um cálculo local do navegador. Verifique a finalidade indicada, as instruções de envio e as informações de conservação antes de fornecer um arquivo genético.
Ler a Política de Privacidade- Confirmar a finalidade
- Use as instruções do serviço contratado. O armazenamento, a recepção, a validação e o processamento completado são fases distintas.
- Conserva o seu arquivo de origem
- Conserva uma cópia do original e descarrega o resultado necessário. Consulta os avisos de subida e resultados para conhecer o período de conservação aplicável.
- Limites de investigação
- O resultado permite processos de pesquisa compatíveis. Não é um diagnóstico clínico, uma recomendação médica ou um teste de identidade.
Tenha claros os limites.
Uma entrada adequada e especificações claras do resultado facilitam o próximo passo.
Ler a documentação de referência T2T (em inglês)O que é o T2T-CHM13?
É uma montagem de referência humana do projecto Telomere-to-Telomere. Este serviço utiliza a referência v2.0 indicada para o alinhamento. Uma montagem de referência não é uma reconstrução do seu genoma pessoal.
Inclui um VCF?
Não. Este pacote entrega o BAM alinhado, o seu índice BAI e as estatísticas de alinhamento. A detecção de variantes é uma operação independente e não está incluída.
É o mesmo que liftover?
Não. O alinhamento situa leituras de sequência sobre uma referência. O liftover converte coordenadas de variantes existentes entre montagens compatíveis; não realinea as leituras originais.
Posso fornecer um BAM ou CRAM existente?
Use o serviço independente BAM/CRAM a T2T para alinhamentos existentes. Esta página corresponde a itens de leituras FASTQ compatíveis.
Será garantida uma melhoria de cobertura?
Não. A referência muda o contexto do alinhamento, mas a informação disponível segue dependendo das leituras originais e da sua qualidade e profundidade. Não sequência novo DNA.
Como eu aporto os arquivos e consulto os prazos?
Siga as instruções de transferência do pedido e contacte o suporte se precisar de verificar uma ligação de arquivo ou um tipo de leitura. O processamento depende do tamanho de entrada e da carga de trabalho; esta página não garante um prazo de finalização.
Posso usá-lo para decisões clínicas?
Não. É um serviço de processamento para pesquisa. Não está validado como teste de diagnóstico clínico e não deve orientar decisões médicas.
Você tem outra entrada?
Um serviço diferente.
BAM/CRAM a T2T
Realinea leituras de um alinhamento existente.
Consultar o ServiçoFASTQ para RAW
Você precisa do pacote de conversão de genótipos em vez de um resultado apenas de alinhamento?
Consultar o ServiçoEscolha a referência que você precisa do seu processo.
Verifique a origem, os resultados entregues e os requisitos do serviço antes de continuar.